Sejarah Desa
Berdasarkan Perda Kabupaten Tanah Bumbu nomor 5 tahun 2020 tentang Pembentukan Kecamatan Kusan Tengah dan Kecamtan Teluk Kepayang yang mana Kecamatan Kusan Tengah adalah merupakan kecamatan pemekaran dari Kecmatan Kusan Hilir, sehingga secara otomatis Desa Sepunggur yang dulunya berada di wilayah Kecamatan Kusan Hilir secara otomatis ikut ke wilayah Kusan Tengah. Kecamatan Kusan Tengah diresmikan pada tanggal 26 maret 2021, seiring dengan dilantiknya camat Kusan Tengah.
Desa Sepunggur adalah merupakan salah satu desa tertua di kecamatan Kusan Hilir/ Kusan Tengah dan menurut cerita asal kata Sepunggur berasal dari kata “ Seppu “ dan kata “ Punggur “, seppu berarti kayu Ulin sedangkan “ Punggur” berarti sisa batang pohon yang ditebang atau dibakar (tunggul/ akar), mungkin pada awal pembentukan desa atau pembukaan lahan desa banyak terdapat punggur kayu ulin (seppu) sehingga dinamakanlah Sepunggur, dan hingga saat ini pun masih sering dijumpai punggur-punggur kayu ulin di areal hutan atau lahan-lahan warga yang belum tergarap secara maksimal.
Selain cerita diatas ada pula versi lain yaitu bahwa dulu sebelum ada nama desa sepunggur wilayah tersebut awalnya didiami oleh Suku Banjar, kemudian datanglah Suku Bugis mendiami wilayah bagian pesisir, dengan demikian wilayah tersebut terbagi atas dua wilayah yang didiami oleh dua Suku berbeda akan tetapi kedua suku tersebut tetap hidup berdampingan dengan tentram, aman dan damai sampai saat ini karena kedua suku tersebut telah saling menganggap atau mengikatkan diri sebagai satu keluarga yang mana pada awal mulanya para pemimpin suku terdahulu telah saling sepakat bahwa untuk wilayah bagian atas adalah merupakan wilayah yang didiami oleh Suku Banjar sedangkan untuk wilayah bawah (sekitar pesisir) didiami oleh Suku Bugis, walaupun demikian kedua suku tersebut berikrar dan saling menganggap bahwa mereka adalah “Sesepungguran” yang artinya satu akar atau satu kesatuan hingga dinamakanlah wilayah tersebut sebagai Sepunggur. Demikianlah kisah atau cerita asal usul nama Desa Sepunggur (wallahu A’lam Bisshawab).
Dulu wilayah sebelah selatan berbatasan dengan dengan Desa Pakatellu dan Sebelah Utara berbatasan dengan Desa Segumbang dan Desa Pondok Butun (kelurahan Gunung Tinggi) namun pada tahun 1982 wilayah Desa Sepunggur sebelah Selatan dimekarkan menjadi desa Api-api sehingga untuk wilayah sebelah selatan sekarang berbatasan dengan Desa Api-api. Sedangkan pada tahun 2011 Desa Segumbang dimekarkan menjadi Desa Polewali Marajae sehingga untuk wilayah sebelah utara sekarang berbatasan Desa Segumbang, Pondok Butun (kelurahan Gunung Tinggi) dan Polewali Marajae.